Корнем называется обязательная часть слова.

Корневая морфема является носителем основного вещественно-лексического значения в слове. Для киргизского языка, как языка агглютинативного типа, корень почти всегда является носителем самостоятельного значения и выступает как грамматически оформленное самостоятельное слово, относящееся к той или иной части речи: ат ‘лошадь’ — имя существительное в именительном падеже единственного числа, кара ‘черный’ — имя прилагательное, кет ‘уходи’ — глагол в форме повелительного наклонения 2-го лица единственного числа, эки ‘два’ — числительное.

Корневые непроизводные слова могут присоединять формообразующие аффиксы, которые не затрагивают лексического, а меняют лишь грамматическое значение слова (ат — аттар, атка, аттан и т. д.).

Корень является морфологической и семантической базой для образования производных слов: жүрөк ‘сердце’ от жүр 'двигаться’, башта ‘начинать’ от баш ‘начало’, капчык ‘кошелек’ от кап ‘мешок’.

В отличие от языков другой типологии, в частности от флективных, корень в киргизском языке не имеет фонетических вариантов, не изменяется под влиянием присоединяющихся к нему аффиксов. Исключение составляют некоторые группы местоимений, где наблюдаются нефонетические изменения звуковой структуры корня при склонении (мен — мага, сен—сага), а также явления озвончения конечных глухих согласных п, к в интервокальной позиции (китеп — китеби ‘книга — его книга’, тоок — тоогу ‘курица — его курица’).

В современном киргизском языке есть небольшое количество слов, в которых корень не может употребляться самостоятельно, без словообразовательных аффиксов. В киргизоведении такие корни называют «мертвыми», а в общей лингвистике они известны под названием связанных. Выделение таких корней возможно лишь в тех случаях, когда в современном языке они сохранились хотя бы в двух словах. Например, в словах тыңша ‘подслушивай’ и тыңчы ‘соглядатай, подслушивающий’ прослеживается явственно общая часть тың, однако корень тың с близким значением изолированно не употребляется. Глаголы үйрөн ‘научись’ и үйрөт ‘научи’ представляют собой две залоговые формы (-н— аффикс возвратного залога, -т— аффикс понудительного залога). Корень үйрө, от которого обе формы образованы, в современном киргизском языке самостоятельно не употребляется. Таким образом, корни тың, үйрө выступают в составе слова как связанные, несвободные.