В письме звук [э] обозначается следующими буквами:

1. В словах кыргызского языка: в начале слова э, а в середине или конце слова, после согласных – е. Н.: в начале слова – эгин, эки, элик, эр, эски, элек, эмгек, эне, эрте; в середине и конце слова после согласных – бет, жер, желек, темир, тирек, кетмен, беде, бетеге, кеңешме, кереге. Долгий вариант данного звука всегда обозначается двумя э: ээр, жээк, жээн, керээз, мээр и т. д.
2. Заимствованные из русского языка или через него ряд иностранных слов и собственные имена пишутся по правилам русской орфографии. В них буква э может встречаться не только в начале слова (экватор, экономика, экран, экскурсия, экзамен, энергия, экспедиция), но и после гласных (аэродром, аэропорт, поэзия, статуэтка, фаэтон, алоэ), а также после согласных (мэр, сэр, Чжу Дэ, Улан-Удэ).