Все слова в названии государств, высших органов государственного управления и международных организаций с прописной буквы и раздельно: Кыргыз Республикасы, Россия Федерациясы, Кыргыз Республикасынын Жогорку Кеңеши, Кыргыз Республикасынын Өкмөтү, Кыргыз Республикасынын Жогорку Соту, Иран Ислам Республикасы, Кытай Эл Республикасы, Кыргыз Республикасынын Конституциялык Соту, Бириккен Улуттар Уюму, Көз карандысыз Мамлекеттердин Шериктештиги, Шанхай Кызматташтык Уюму и т. д.
Источник:
Правила правописания кыргызского языка