1. Первое слове в названии государственных и негосударственных учреждений, предприятий, обществ, фондов, организаций пишется с прописной буквы, осталные – со строчной: Билим берүү жана илим министрлиги, Майып балдарды колдоо фонду, Туризм жана спорт боюнча агенттиги, Чакан жана орто бизнести колдоо боюнча мамлекеттик фонду, Мамлекеттик тил боюнча улуттук комиссия.
2. Названия структурных подразделений учреждений пишутся со строчной буквы: Кыргыз улуттук университетинин филология жана кыргыз таануу факультети, Тил жана адабият институтунун азыркы кыргыз тили сектору и т. д.
Источник:
Правила правописания кыргызского языка